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首都师范大学为学生的培养设计了专业的课程体系。实际上从1999年开始，学院就开设了《计算机在生物学中的应用》选修课。目前生物信息学专业的课程主要有几个部分。一是计算机相关的《生物软件及数据库》《生物信息学》《生物信息学实验》《Python语言》《R语言》《生物统计学》《功能基因组学》《人工智能》《生物统计学》等。
